「全國保生大帝廟宇聯誼會」於民國七十八年九月在臺南大飯店正式成立籌備會，發展迄今已十八年，聯誼會已完成階段性的任務。民國九十四年十月二十二日第五屆第五次常務委員宮暨常務監察人宮聯席會議決議，將聯誼會轉型設立為全國性宗教團體；本會理事長廖武治接任第六屆聯誼會會長後，便積極推動聯誼會轉型的工作。民國九十六年五月發函邀請各委員宮監察人宮擔任發起人，計有四十二家宮廟參與發起，本會遂於六月二十日由理事長廖武治具名向內政部提出申請全國性宗教團體組織，同年八月一日獲准籌設。八月二十五日在臺北市大龍峒保安宮召開發起人暨第一次籌備會議，推選臺北市大龍峒保安宮、臺北縣蘆洲保和宮、臺南縣學甲慈濟宮、臺南縣仁德保華宮、南投縣草屯龍德廟、高雄市後勁聖雲宮等五家宮廟為籌備委員，籌備會議中通過將本會定名為「臺灣保生大帝信仰總會」，及討論通過章程草案，並決定公開徵求會員。九月二十九日第二次籌備會議於臺南縣學甲慈濟宮召開，審查申請加入會員102家宮廟資格，並擬定年度工作計畫及收支預算表案，以及推薦理監事候選人名單。

十月二十一日上午十時在臺北市大龍峒保安宮召開第一屆會員大會，「臺灣保生大帝信仰總會」正式成立，選出理事三十五家宮廟及監事十一家宮廟，組織理監事會。下午二時召開第一屆第一次理監事會議，選舉常務理事、常務監事及正副理事長、正副監事主席。臺北市大龍峒保安宮、臺北縣蘆洲保和宮、臺南縣學甲慈濟宮、高雄市後勁聖雲宮、屏東縣枋寮北勢寮保安宮、臺南市大觀音亭興濟宮、高雄市鼓山區慈仁宮、高雄市苓雅區鼓山亭、金門縣烈嶼保生大帝廟、高雄市前鎮區廣濟宮、臺南縣仁德保華宮等當選為常務理事宮。臺北市大龍峒保安宮董事長廖武治當選第一屆理事長，臺北縣蘆洲市保和宮主委李澄清、臺南縣學甲慈濟宮董事長吳玉柱、高雄市後勁聖雲宮主委葉盈春分別為第一、二、三副理事長。南投縣草屯龍德廟、臺中市元保宮、臺南縣北門東隆宮為常務監事宮，南投縣龍德廟主委林瑞君、臺中市元保宮主委賴德順分任監事主席及副主席。

隨後，籌備會將相關資料移交理事長臺北市大龍峒保安宮董事長廖武治，由監事主席南投縣龍德廟主委林瑞君監交，完成法定程序後，理事長廖武治在致詞時表示：對聯誼會過去忽略的人才培育及社會公益的參與，希望以大龍峒保安宮十多年改造轉型後，投入社會教育、文化建設、慈善公益的經驗，運用在新成立的臺灣保生大帝信仰總會，為保生大帝信仰帶來新的生命力。
十月二十七日在臺南市大觀音亭興濟宮舉行全國保生大帝廟宇聯誼會第六屆第三次會員大會暨社團法人臺灣保生大帝信仰總會成立大會，同時宣告全國保生大帝廟宇聯誼會結束。在大會後迄今計有四十二家宮廟陸續申請加入會員，包括失聯的宮廟以及未加入聯誼會的宮廟，使本會成員已達一百四十八家宮廟，已經超過原本流失後的家數。

值得注意的是，金門地區過去僅有烈嶼鄉保生大帝廟加入，此次亦增加金門本島的宮廟，依據調查金門地區有十六家保生大帝宮廟，因鄰近廈門，與廈門往來頻繁，此次金門縣烈嶼保生大帝廟進入常務理事會，希望日後總會能拓展至金門地區，截至目前金門地區已有七家宮廟加入。又花蓮縣吉安保勝宮進入理事會，將借重吉安保勝宮在花蓮地區的發展，將保生大帝的信仰東進臺灣東部，整個總會核心要位重新整合，期待將有一個轉型發展的新契機。